Miejsce pracy: Gdańsk
Zatrudnienie realizowane w ramach projektu pt. ”Diagnostyka guza mózgu o wysokim stopniu złośliwości z wykorzystaniem ciekłej biopsji i uczenia maszynowego” (Diagnosis of High Grade Brain Tumor Using Liquid Biopsy and Machine Learning). Główny wykonawca dr hab. Jakub Mieczkowski, prof. GUMed.
Projekt jest realizowany w ramach działania First Team Fundacji na rzecz Nauki Polskiej współfinansowanego przez Unię Europejską ze środków 2. Priorytetu Programu Fundusze Europejskie dla Nowoczesnej Gospodarki 2021–2027 (FENG).
DO ZADAŃ OSOBY ZATRUDNIONEJ NA TYM STANOWISKU BĘDZIE NALEŻAŁO:
- analiza danych z sekwencjonowania Oxford Nanopore, w tym wzorców metylacji DNA oraz rozkładów długości fragmentów,
- opracowanie modeli predykcyjnych z wykorzystaniem metod uczenia maszynowego do wykrywania ctDNA pochodzenia nowotworowego na podstawie cech epigenomicznych i fragmentomicznych,
- projektowanie i implementacja algorytmów klasyfikacyjnych opartych na aktywności regionów regulatorowych i pozycjonowaniu nukleosomów,
- stworzenie przyjaznej dla użytkownika aplikacji umożliwiającej klinicystom i/lub naukowcom zastosowanie opracowanych modeli do nowych danych,
- przygotowanie czystego, udokumentowanego i możliwego do odtworzenia kodu,
- ścisła współpraca z zespołami klinicznymi i biologii molekularnej w zakresie interpretacji danych i walidacji klinicznej,
- aktywny udział w międzynarodowym konsorcjum (np. współpraca z Uniwersytetem w Zurychu),
- przygotowanie wyników do publikacji naukowych, prezentacji konferencyjnych oraz zgłoszeń patentowych,
- realizacja doktoratu w trybie eksternistycznym zgodnie z regulaminem Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego.
OD KANDYDATÓW OCZEKUJEMY:
- licencjatu/stopnia inżyniera lub magisterium z bioinformatyki, matematyki, biologii, biotechnologii lub kierunków pokrewnych,
- doświadczenia w pracy z językami Python i R oraz zastosowaniach uczenia maszynowego,
- wysokiej motywacji do pracy naukowej i zainteresowania projektami interdyscyplinarnymi,
- umiejętności pracy zespołowej,
- dużej motywacji, elastyczności i samodzielności w zdobywaniu nowych umiejętności,
- akceptujemy również kandydatów, którzy już uzyskali status doktoranta.
OFERUJEMY:
- 36-miesięczne stypendium doktoranckie; wynagrodzenie netto wynoszące około 11 000–12 000 PLN miesięcznie; ubezpieczenie zdrowotne, społeczne i od następstw nieszczęśliwych wypadków nie jest zapewnione – kandydat powinien samodzielnie zadbać o wymagane ubezpieczenie,
- możliwość zdobycia i poszerzenia wiedzy z zakresu epigenetyki człowieka oraz ciekłej biopsji,
- mentoring i wsparcie ze strony doświadczonych naukowców w dziedzinach epigenetyki, biologii obliczeniowej i biostatystyki,
- praca w międzynarodowym, interdyscyplinarnym środowisku szkoleniowym,
- możliwość współpracy międzynarodowej, w tym krótkoterminowych wizyt u partnera zagranicznego (Uniwersytet w Zurychu),
- dostęp do nowoczesnego sprzętu w nowo utworzonych laboratoriach biologii molekularnej oraz zasobów obliczeniowych,
- możliwość udziału w międzynarodowych konferencjach naukowych,
- pracę w rozwijającym się zespole w Gdańsku - nowoczesnym, otwartym mieście nad Bałtykiem, oferującym wysoką jakość życia, bogatą ofertę kulturalną oraz dostęp do morza, lasów i terenów rekreacyjnych.
ZASADY APLIKOWANIA:
- Jeśli jesteś zainteresowany/a, prześlij swoją aplikację:
- CV
- list motywacyjny
- kontakt do osób mogących udzielić referencji lub referencje pisemne (mile widziane)
za pomocą przycisku APLIKUJ. Wszystkie powyższe dokumenty prosimy przesłać w jednym pliku PDF.
- Termin nadsyłania zgłoszeń upływa 31.07.2025 r. Termin ten może zostać przedłużony w razie potrzeby.
- Aplikacje przesłane między datą zakończenia naboru a zakończeniem publikacji ogłoszenia mogą zostać zakwalifikowane do procesu rekrutacji.
- Planowany termin rozpoczęcia zatrudnienia: 01.09.2025 r.
- Wszelkie pytania dotyczące projektu prosimy kierować na adres: [email protected]; w kwestiach związanych z procesem rekrutacji zapraszamy do kontaktu pod adresem [email protected].
- Dbamy o równe szanse i różnorodność. Zachęcamy do aplikowania wszystkie osoby, w tym osoby z niepełnosprawnościami. Nasze miejsce pracy jest w pełni dostosowane do ich potrzeb.
OPIS PROJEKTU
Projekt koncentruje się na opracowaniu narzędzi analitycznych służących do identyfikacji próbek zawierających wolnokrążące DNA nowotworowe (ctDNA) pochodzące z komórek guzów mózgu. Podstawowym założeniem jest, że fragmenty ctDNA różnią się od pozostałego wolnokrążącego DNA (cfDNA) pod względem długości, składu sekwencyjnego, lokalizacji w genomie oraz wzorców metylacji DNA.
Celem projektu jest stworzenie metody umożliwiającej wykrycie, czy dana próbka zawiera mieszaninę fragmentów pochodzących z różnych typów komórek - w szczególności, czy rozkład cech fragmentów wskazuje na obecność DNA pochodzącego z komórek nowotworowych.
W praktyce oznacza to zastosowanie metod statystycznych, modelowania rozkładów oraz klasyfikatorów opartych na cechach fragmentów (np. długość, pozycja względem znanych elementów regulatorowych, prawdopodobieństwo metylacji), by zaklasyfikować próbki jako zawierające ctDNA.
Praca będzie obejmować analizę danych z sekwencjonowania Oxford Nanopore, tworzenie własnych zbiorów referencyjnych, projektowanie metryk i modeli klasyfikacyjnych opartych na cechach fragmentów oraz ocenę czułości i specyficzności opracowanego algorytmu.
OPIS GRUPY BADAWCZEJ
Zespół dr. hab. Jakuba Mieczkowskiego zajmuje się badaniem sposobu w jaki organizacja chromatyny i regulacja ekspresji genów wpływają na tożsamość komórkową w zdrowiu i chorobie. Celem grupy jest rozwój narzędzi obliczeniowych i eksperymentalnych służących do identyfikacji stanów i pochodzenia komórek na podstawie danych epigenetycznych.
W szczególności zespół prowadzi badania nad zastosowaniem ciekłej biopsji w nowotworach mózgu, analizując DNA krążące we krwi i moczu (ctDNA) w celu wykrywania sygnatur specyficznych dla raka. Łączymy dane dotyczące dostępności chromatyny, pozycji nukleosomów, metylacji DNA oraz fragmentacji genomu (fragmentomika) pochodzące z różnych typów sekwencjonowania (np. ATAC-seq, metylacja ONT, RNA-seq, transkryptomika przestrzenna), aby budować niezależne od typu guza modele wykrywania ctDNA. Nasze badania łączą biologię molekularną, bioinformatykę i medycynę translacyjną w celu rozwoju nieinwazyjnej diagnostyki nowotworowej.
Obowiązek informacyjny wobec osób ubiegających się o zatrudnienie
Zgodnie z ogólnym rozporządzeniem o ochronie danych z dnia 27 kwietnia 2016 r. zwanym dalej RODO informujemy, iż:
1. Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Gdański Uniwersytet Medyczny z siedzibą w (80-210) Gdańsku przy ul. M. Skłodowskiej-Curie 3a.
2. Administrator danych osobowych powołał Inspektora Ochrony Danych, z którym można skontaktować się pod numerem telefonu (58) 349 10 27 lub adresem e-mail: [email protected].
3. Pani/Pana dane osobowe przetwarzane będą w celu przeprowadzenia rekrutacji.
4. Podstawą prawną do przetwarzania Pani/Pana danych osobowych jest Kodeks Pracy, art. 221 § 1.
5. Podanie przez Panią/ Pana ww. danych osobowych jest konieczne i jest wymogiem ustawowym.
6. Pani/Pana dane osobowe będą przetwarzane w imieniu administratora danych przez upoważnionych pracowników wyłącznie w celach, o których mowa w ust. 3.
7. Pani/ Pana dane osobowe będą przechowywane przez okres 12 miesięcy.
8. Pani/Pana dane osobowe nie będą udostępniane podmiotom zewnętrznym z wyjątkiem przypadków przewidzianych przepisami prawa.
9. Na zasadach określonych przepisami RODO przysługuje Pani/Panu:
a) prawo dostępu do treści swoich danych,
b) prawo do ich sprostowania, gdy są niezgodne ze stanem rzeczywistym,
c) prawo do ich usunięcia, ograniczenia przetwarzania, a także przenoszenia danych – w przypadkach przewidzianych prawem,
d) prawo do wniesienia sprzeciwu wobec przetwarzania danych,
e) prawo do wniesienia skargi do organu nadzorczego – Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych, gdy uzna Pani/Pan, że przetwarzanie Pani/Pana danych osobowych narusza przepisy o ochronie danych osobowych,
f) prawo do cofnięcia zgody w dowolnym momencie bez wpływu na zgodność z prawem przetwarzania, którego dokonano na podstawie zgody przed jej cofnięciem, jeżeli przetwarzanie odbywa się na podstawie zgody.
Information obligation to applicants for employment
In accordance with the General Data Protection Regulation of April 27, 2016, hereinafter referred to as RODO, we inform you that:
1. the controller of your personal data is the Medical University of Gdańsk, based in (80-210) Gdańsk, M. Skłodowskiej-Curie 3a Street.
2. the Data Controller has appointed a Data Protection Officer, who can be contacted at (58) 349 10 27 or e-mail address: [email protected].
3. Your personal data will be processed for the purpose of recruitment.
4. The legal basis for processing your personal data is the Labor Code, Article 221 § 1.
5. Provision of the above personal data by you is necessary and is a statutory requirement.
6. Your personal data will be processed on behalf of the data controller by authorized employees only for the purposes referred to in paragraph 3.
7. Your personal data will be stored for a period of 12 months.
8. Your personal data will not be shared with external entities except as provided by law.
9. Under the terms of the RODO regulations, you have:
a) the right to access the content of your data,
b) the right to rectify them when they are inconsistent with the actual state,
c) the right to erasure, restriction of processing, as well as data portability - in cases provided by law,
d) the right to object to data processing,
e) the right to lodge a complaint to the supervisory authority - the President of the Office for Personal Data Protection, if you consider that the processing of your personal data violates the provisions on personal data protection,
f) the right to withdraw consent at any time without affecting the legality of the processing carried out on the basis of consent before its withdrawal, if the processing is based on consent.
